Určit první zmínku o vsi Načetín je poměrně komplikované, neboť její původní název "Wnaczka" náležel také potoku, u kterého ves vznikla. U starých zápisů pak není zcela zřejmé, mluví-li se již o vsi nebo pouze o potoku. Načetín vznikl pravděpodobně již někdy v 15. století. První jistá zmínka o něm pochází až ze století šestnáctého - konkrétně z roku 1549, v této době ves patřila k chomutovskému panství, jejím majitelem byl Jan z Veitmile. Původ názvu "Wnaczka" je nejasným. Existuje o něm několik teorií - podle jedné je tento název odvozen z německého slova Netzung (bažina), pravděpodobnější je však souvislost se slovem ňacki (necky). To dříve znamenalo i dolinu a Načetín leží v údolní muldě. Jisté je, že název patřil nejprve potoku, od něhož byl přenesen také na mlýn, který zde stál a nakonec se rozšířil na celou ves. Postupem času pak prodělal řadu změn, existují tak tvary jako např. Naczka, Natschung či Natzschkau.
V polovině 16. století již v Načetíně stály zemědělské usedlosti a pila. Roku 1588 získal chomutovské panství Jiří Popel z Lobkovic, který zde vládl pevnou rukou. Roku 1593 však na zemském sněmu veřejně zkritizoval císaře pro jeho neplnění slibů, za což se dostal do císařovy nevole a následně byl odsouzen ke ztrátě majetku i života. Jiří Popel byl tedy uvězněn a jeho majetek předán do správy císařských úředníků, kteří jej roku 1605 po částech rozprodali. Načetín se tak dostal k červenohrádeckému panství, které získal Adam Hrzán z Harasova.
V tomto období v okolí probíhal značný rozvoj hornictví. V Načetíně se dobývalo zlato, stříbro, cín a měď, tento slibný rozvoj ukončila až třicetiletá válka. Ta pro Načetín znamenala bídu a strádání, v jejím průběhu krajem prošla řada vojsk, která se na životě zdejších vesnic velice podepsala. Ani Načetín nebyl výjimkou. V roce 1632 museli jeho obyvatelé i s dobytkem dokonce uprchnout do lesů, roku 1640 byla ves úplně vypleněna a zničena švédským vojskem, které se pak utábořilo na blízkém Lauschhübel - Čihadle. Po skončení války pak trvalo ještě řadu let, než se ves z válečných útrap zcela vzpamatovala.
Roku 1695 byla v Načetíně postavena vysoká pec se zkujňovací výhní a hamrem, ruda ke zpracování sem byla dovážena z Mezilesí, krevelové žíly se však těžily také přímo v Načetíně, ve zdejším dole Jindřich. Ve druhé polovině 17. století se ve vsi také značně rozšířila výroba dřevěného zboží, jako např. šindelů, domácího a kuchyňského náčiní, hraček, prken a latí či špiček na cigárka. Roku 1749 byla zdejší železárna zrušena a výroba byla přenesena do Kalku. Na konci století se ve vsi začala rozvíjet výroba hřebíků. Načetín byl prosperující a rozvíjející se vsí, o tom svědčí a jeho růst - na konci 18. století měl 42 domů, o půl století zde bylo již 53 domů a žilo zde na 540 obyvatel. Ve vsi byly také tři mlýny a hostinec, lidé se zde živili především jako živnostníci a lesní dělníci. Byli zde 2 pekaři, řezník, 2 podkováři, 2 kupci, uhlíř, mlynář, krejčí, truhlář, kolář, 2 ševci, tkadlec, 4 hostinští, tesař a 2 mistři hřebíkáři. V roce 1874 byla ve vsi založena Rauscherova továrna na hřebíky, ve které pracovalo mnoho hřebíkářů, řada z nich sem dojížděla i z Jindřichovy vsi. Zemědělství se zde příliš nedařilo, poměrně rozšířeným však byl chov dobytka. Jak je patrné, Načetínu se opravdu dařilo a v tomto období zažíval svůj "zlatý věk". Ten nedokázaly ukončit ani napoleonské války, a to i přes značné útrapy, které vsi připravila ruská a rakouská vojska .
Roku 1850 se stal Načetín samostatnou obcí, zároveň k němu byla připojena Jindřichova ves. V roce 1851 byla ve vsi otevřena tzv. zimní škola, aby zdejší děti nemusely podstupovat v zimě opravdu náročnou cestu až do Kalku. O rok později se zde již vyučovalo celoročně. žáků však neustále přibývalo, a tak se původní jednotřídka brzy rozrostla na trojtřídku, které však již stará školní budova nestačila - muselo se tak dokonce vyučovat odděleně po půldnech. Roku 1874 tedy začala výstavba nové školní budovy, ta byla dokončena v roce 1878, o tři roky později se pak rozrostla dokonce již na 4 třídy. V roce 1868 začala ve vsi výstavba kapličky, zasvěcené Matce Boží, která si však na své dokončení musela počkat až do roku 1891. Ve stejném roce ves postihla také přírodní katastrofa v podobě potopy, kterou způsobil od průtrží mračen rozvodněný potok. V letech 1868 - 1888 byl Načetín osadou Kalku, poté se však osamostatnil a stal se opět samostatnou obcí s osadou Jindřichova ves.
Za první světové války se v Načetíně nic mimořádného nestalo. Válka zde probíhala prakticky stejně jako v ostatních vsích, po jejím skončení pak následoval poměrně rychlý návrat k normálnímu životu. V meziválečném období byly v Načetíně 3 hostince, obchod se smíšeným zbožím a obchod se zeleninou, 3 pekaři, 2 řeznictví, 2 truhláři, 3 zámečníci, 2 výrobny dřevěného zboží, kolář, klempíř, krejčí, kovář, 3 uhlíři a v provozu byla stále Rauscherova továrna na hřebíky, mimo ní zde bylo ještě 5 dalších hřebíkářů. Jak vidno, Načetín byl stále prosperující vsí v rozkvětu, žijící spokojeným životem. Přestože zde žilo pouze 5 českých rodin, byla tu roku 1927 otevřena i česká menšinová škola, do které chodily také děti z Jindřichovy vsi, Kalku a Kienhaidy. Česko-německé vztahy tedy byly poměrně přátelské a nebylo nic, co by mohlo narušit zdejší poklidný život.
Pak ale přišla třicátá léta a s nimi i nástup nacistické strany k moci v sousedním Německu. Vztahy mezi Čechy a Němci se rychle zhoršily a stále častěji docházelo k různým incidentům. Kvůli narůstajícímu napětí sem byli v polovině roku 1938 přesunuti příslušníci praporu Stráže obrany státu z Kadaně. Následovala však mnichovská zrada a po ní pak obsazení sudet německou armádou. Za druhé světové války bylo v Načetíně velitelství již několikrát zmiňovaného pracovního tábora pro české muže ze smíšených manželství. Na konci války ustoupili němečtí vojáci z oblasti bez boje a 5. 5. 1945 byl Načetín osvobozen ruskými vojáky, kteří tudy jenom projeli. V srpnu sem pak přišli také čeští vojáci a četníci. Po válce byla většina německého obyvatelstva odsunuta, čímž se ves prakticky vylidnila. Stejně jako okolní vsi také Načetín již nikdy nebyl dosídlen a postupem času začali odcházet i noví osadníci.
V roce 1959 byla provedena regulace potoka, aby se zabránilo jeho vylévání z břehů při silnějších deštích. O rok později byl ve vsi vybudován vodovod. Elektřina zde byla zavedena niž v roce 1940. Při územní reorganizaci v roce 1960 byl Načetín i s Jindřichovou vsí připojen ke Kalku.
Zdejší kaplička byla po opravě zasvěcena sv. Hubertovi a v roce 1997 byla vysvěcena jirkovským děkanem. Pro neustálý úbytek obyvatelstva získal Načetín ráz rekreační obce. V posledních letech však počet obyvatel přestal klesat a naopak zde dochází k jeho poměrně výraznému zvýšení. I tak bylo ve vsi k roku 1999 na 42 rekreačních objektů.